Vagoner je bio evanđelista, izdavač i autor. Pohađao je školu svega šest meseci, ali je bio neumoran u privatnom proučavanju. Iako je imao malo formalnog školovanja, bio je gigant u literarnim dostignućima, majstor Grčkog i Hebrejskog, dobro potkovani teolog, uspešan izdavač, pionir u zdravstvenoj reformi i verskim slobodama i snažan činilac kao pionir u objavljivanju poruke istine. Kada je Vagoner prvi put čuo za Adventnu poruku decembra 1851-ve, bio je urednik političkog časopisa. Kada je prihvatio subotu, bacio je svoj smotuljak duvana u peć i uz Džozefa Bejtsa postao čvrst zagovornik umerenog života.
Do 1853-će bezrezervno je posvetio svoj život propagiranju poruke. Pošto je kao mladić naučio sve o izdavačkom zanatu u Pensilvaniji i Ilinoisu, Vagonerovi talenti su mnogo puta upotrebljeni u izdavačkom poslu. Radio je kao urednik uz Džejmsa Vajta u zapadnom izdanju Signs of the Times i kao prvi urednik Pacific Health Journal i American Sentinel (časopis o verskim slobodama). Vagoner je bio jedan od trojice u komitetu koji su predložili ime “Adventisti Sedmog Dana” za našu crkvu. 1868-me je izdao knjigu The Atonement njegova jasna uverenja o opravdanju verom. Uticao je na mlade ljude, uključujući i njegovog sin E. Dž. Vagonera i A.T. Džonsa koji su se istakli u propovedanju te poruke 1888-me. Vagoner je bio elokventan govornik, dobar urednik, i vrlo marljiv radnik. Pisao je sa jasnošću i preciznošću.
“Mnogi teolozi zaista misle da pokajanje, u kontekstu efikasnosti, počiva na doktrini trojstva. Ali mi ne vidimo nikakvu konekciju između ova dva. Čak nasuprot tome, oni koji zagovaraju tu doktrinu upadaju u zamku koju i sami žele da izbegnu. Njihove tegobe po tom pitanju se sastoje iz sledećeg: Oni smatraju da je poricanje trojstva jednako poricanju Hristovog božanstva. Da je to slučaj, trebali bi smo se uporno držati trojstva; ali to nije slučaj. Oni koji su pročitali naša zapažanja o smrti Sina Božjeg znaju da mi čvrsto verujemo u božanstvo Hrista; ali ne možemo prihvatiti ideju trojstva, kako je trinitarijanci drže, zbog toga što se ne možemo odreći Hristove žrtve koju je podneo radi našeg spasenja. {J. H. Waggoner, The Atonement in the Light of Nature and Revelation, pp. 164, 165}
“Razlika između hrista i istinoga Boga je jasno prikazana spasiteljevim sopstvenim rečima u Jovanu 17:3 :”Da poznaju tebe jesinoga istinoga Boga, i koga si poslao Isusa Hrista.” Mnogo opterećenja je stavljeno na Isaiju 9:6, kao dokaz trojstva, koje smo ranije citirali, da se odnosi na našeg visokog sveštenika koji je prolio krv za nas. Zagovornici te teorije će reći da se taj stih odnosi na trojstvo jer je hrist nazvan večnim Ocem. Ali mi tvrdimo da ovo nema veze sa trojstvom. Da li je Hrist Otac u trojstvu? Ako jeste, kako je onda Sin? Ili ako je i Otac i Sin, kako može postojati trojstvo? Jer trojstvo su tri osobe. Da bi potvrdili trojstvo, razlika između Oca i Sina mora biti očuvana. Hrist je nazivan “druga osoba u trojstvu;” ali ako ovaj tekst dokazuje trojstvo, ili ako se uopšte odnosi na trojstvo, onda dokazuje da nije druga osoba nego prva. A ako je prva, ko je druga? Veoma je jasno da ovaj tekst nema veze sa takvom doktrinom.” {J. H. Waggoner, isto, pp. 168, 169}
“Atanasijanska vera – je formulisana i definisana od strane Atanasija. Pre tog vremena nije bilo ispovedanja, ako je uopšte i postojalo uniformno verovanje. Većina ranih pisaca su bili paganski filozofi koji su da bi doprli do uma te klase, često ulagali veliki napor da dokažu da postoji spoj ta dva sistema, Hrićanstva i filozofije. Postoji obilje materijala u njihovim pisanjima koji podržavaju taj pogled. Bingam govori o nejasnim pogledima koji neki od njih drže u sledećim stvarima: “Postoje neki koji su jako rano obrnuli doktrinu trojstva u triteizam, i, umesto tri nebeske osobe pod upraviteljstvom Oca, Sina i Svetog duha, uveli su tri kolateralna, koordinisana, i samostvorena bića, što ih čini trima potpuno nezavisnim načelima, bez ikakvih odnosa između Oca i Sina, koja je najosobenija za tri boga. Pošto su načinili ovu promenu u trojstvu, načinili su još jednu promenu na koju se može odgovoriti u formi baptizma.- Antiquities, book 11, chap. 3, & 4. “Ko može prepoznati ovu formu kao onu koju je savet u Konstantinopolju ustanovio 381-ve, gde je prava vera objavljena kao “nestvoreno, jednosuštno i suvečno trojstvo?” Prava istina je da smo istu ideju koja je ovde opisana od strane Bingama, našli u mnogim pravoslavnim izdanjima iz drugog i trećeg veka. U ovim rečima sa saveta, koje su citirane iznad, ne postoji “pravi odnos između Oca i Sina”. Bingam kaže da se ova greška po pitanju trojstva nestvorenih, jednosuštnih i suvečnih bića pojavila veoma rano u crkvi; i tako je nalazimo u pisanju ranih autora u vremenu neposredno nakon apostola…Ostavljamo ovo dobroj proceni svakog dobrog čitaoca bez predrasuda da su tri krštenja konsistentija ideji “troje kolateralnih, koordinisanih i samostvorenih bića“, nego ideji o krštenju u ime Oca, Sina i Svetoga Duha sličnom Spasiteljevoj smrti i uskrsnuću. {J. H. Waggoner, Thoughts on Baptism, 1878}
“Postoji jedno pitanje koje je često osporavano u teološkom svetu u koje se nikada nismo upuštali. To je pitanje o ličnosti Božjeg Duha. Preovlađujuće ideji o ličnosti su veoma različite, često grube i reč je pogrešno razumevana; tako da se jedinstvo po ovoj tački ne može očekivati sve dok svi ne budu precizno definisali na šta misle u odnosu na tu reč, ili dok se svi ne slože o jednom smislu u kojem će reč biti korištena. Dok god sporazum ne postoji, čini se da diskusija na t temu neće biti plodonosna, pogotovu što nije reč o kojoj postoji direktno otkrovenje. Mi imamo pravo biti sigurni u svoju veru i svoje izjave jedino kada su reči Svetog Pisma toliko direktne da nam daju pozitivne dokaze. Ne samo da smo voljni, već i nestrpljivi da tu stvar ostavimo tamo gde je i Božja reč stavlja. Iz nje mi učimo da je Božji Duh ta strašna i misteriozna sila koja izlazi od trona univerzuma i koja je učesnik u radu stvaranja i iskupljenja.” {J. H. Waggoner, The Spirit Of God; Its Offices And Manifestations, pp. 8, 9. 1877}
“Kao što smo ranije napomenuli, velika greška trinitarijanaca, u raspravi na ovu temu, je sledeća: ne prave razliku između poricanja trojstva i poricanja Hristovog božanstva. Oni vide samo dva ekstrema, između kojih leži istina; i svaku izjavu koja se odnosi na vreme prepostojanja Htista i Njegovog božanstva kao dokaz trojstva. Pismo obilato uči o prepostojanju Hrista i njegovom božanstvu; ali ne govori ništa po pitanju trojstva. Proglas, da nebeski Sin Božji ne može da umre, je daleko od učenja biblije kao tama od svetlosti. I mi bi smo upitali trinitarijance, kojoj od dve prirode dugujemo za spasenje. Odgovor, naravno, mora biti onoj koja je prolila svou krv za nas; jer “imamo spasenje kroz krv.” Onda je evidentno da ako je samo ljudska priroda umrla, naš Iskupitelj je samo čovek, a da nebeski Božji Sin nije imao učešća u radu za spasenje jer on nije mogao ni patiti ni umreti. Sasvim smo u pravu kada kažemo da doktrina trojstva degradira pokajanje, jer nipodaštava žrtvu i krv iskupljenja do standarda Socinianizma.” {J. H. Waggoner, The Atonement In The Light Of Nature And Revelation, pp. 173, 174}
“Pitanje: Šta je nedelja ili dan Gospodnji?
Odgovor:
To je dan koji su apostoli posvetili u čast svetog trojstva i u spomen da je naš Gospod Isus Hrist ustao iz mrtvih na taj dan, poslao svoj Sveti Duh na taj dan i slično; i zato se naziv Dan Gospodnji. Takođe se naziva i nedeljom (Dan Sunca) od stare rimske denominacije Dies Solis, dana sunca, koji su je zvali svetom. Douay Catechism, Page 143.” {J. H. Waggoner, Review & Herald, July 18, 1854}